01城里最高的那栋楼
序构 SeqForge
参数，我替你记着。
生信的命令行太难背了：fastp 的质量阈值设多少，比对时要不要标记次要比对，bcftools 的过滤式又该怎么写……我也总是记不住，所以做了序构。你用中文说想做什么，它把命令一行一行写好；跑完了，再陪你把报告读懂。
i一句话
从一句话，
到一份结果。
不用先想好用哪个工具。说出你手里有什么、想要什么，剩下的交给它排。
你双端测序，先质控，再比对到参考基因组。
序构好，分三步。参数先按常用的填上了，哪个不合适，点一下就能改。
# 质控
fastp -i R1.fq.gz -I R2.fq.gz \
-o R1.clean.fq.gz -O R2.clean.fq.gz \
-q 20 -l 50 -w 8 -h fastp.html
# 比对、排序、建索引
bwa mem -t 8 -M ref.fa R1.clean.fq.gz R2.clean.fq.gz \
| samtools sort -@ 8 -o sample.bam
samtools index sample.bam
# 看一眼比对率
samtools flagstat sample.bam > flagstat.txt- 1
说
用中文说想做什么。它把一句话拆成一条能跑的工具链。
- 2
选
功能用中文点选，参数就在手边。改一个，命令立刻跟着变。
- 3
写
命令一行一行写好。整段复制，或者存成脚本带走。
- 4
读
跑完把 fastp、flagstat、bcftools 的报告拖进来，它陪你一行一行读懂。
ii复现
上次是怎么
跑的来着？
做分析最怕的，大概就是这一句。所以导出的时候，脚本、环境锁和 CWL 工作流会放在一起：半年以后，换一台机器、换一个人，照着跑，还是同一个结果。
- Shell 脚本
- 环境锁
- CWL 工作流
iii作息
算力机
也要睡觉。
序构背后有一台算力机，它按时上下班：每天 08:30–11:30、14:00–18:00（北京时间）。它睡着的时候，站点会换成只读的副本——生成命令、体检流程、工具箱、导出脚本照常能用，只是先不跑重活。
此刻：按服务时段计算中
iv彩蛋
旁边那条 DNA，
不是随便画的。
中间那 30 个碱基，按标准密码子表三个一组读：
- ATGM
- CTGL
- GAAE
- GAAE
- TGGW
- TAGO
- CGTR
- CTGL
- GATD
- TAA*
开头的 M 是起始密码子，后面读出来是 LEEWORLD。那个 O 是吡咯赖氨酸：TAG 平时是终止信号，只有少数微生物会把它读成第 22 种氨基酸。
所以在大多数生物里，
这条序列读到 MLEEW 就停了。
剩下的 ORLD，要靠一点运气。
鼠标移到螺旋上，会亮出那一组密码子；往下滚，它会慢慢松开。
想好要做
什么分析了吗？
去跟它说一句吧。